Mit der Ultradünnschnitt-Technik können von Präparaten mit dem Ultramikrotom dünne, durchstrahlbare Schnitte für die TEM hergestellt werden. In der Regel beträgt die Schnittdicke zwischen 50 und 80 nm, für spezielle Anwendungen z.B. EFTEM sind sogar dünnere Schnitte erforderlich. Die hierzu notwendige Stabilität und Härte erhalten die Präparate durch Einbettung in flüssige Kunstharze, die anschließend ausgehärtet werden. Zuvor werden die Präparate entwässert und zur Kontrastverstärkung mit Schwermetallen behandelt. Schließlich können mit Hilfe von Diamantmessern die eine extrem feine Messerschneide (Dicke 2 nm) besitzen diese Schnitte hergestellt werden. Am EMZ stehen hierfür zwei Ultramikrotome zur Verfügung (Reichert Ultracut S und Leica UMC7R).