Am EMZ werden Rasterelektronenmikroskope (REM) und Transmissionselektronenmikroskope (TEM) der Firma Zeiss betrieben. Für die Probenbearbeitung stehen umfangreiche Präparationsmöglichkeiten zur Verfügung um geeignete wasserfreie und vakuumstabile Proben für die Elektronenmikrokopie zu erhalten. Die REM-Probenpräparation stellt optimal aufbereitete Oberfächen für die Untersuchungen bereit, bei der TEM-Probenpräparation steht die Erzeugung dünnster Schnitte für die Untersuchungen im Vordergrund. Diese Techniken können mit der Möglichkeit der Kryopräparation verknüpft werden. Weiterhin sind  an unseren Geräten analytische Verfahren (EDX, EELS) zur Untersuchung der Elementzusammensetzung von Proben möglich. Begleitend bietet unser Zentrum verschiedenen Verfahren der lichtmikroskopischen Histologie.