Eine Alternative zur häufig verwendeten chemischen Fixierung von biologischen Proben ist die Fixierung durch schnelles Abkühlen, die als Kryofixierung bezeichnet wird. Mit Hilfe der Hochdruckkryofixierung ist es möglich Proben mit einer Dicke von maximal 300µm so schnell einzufrieren, dass dabei keine Eiskristalle mit größerem Volumen entstehen. Durch die Abkühlung auf -196°C in 20 Millisekunden wird das Wasser im Präparat amorph, d.h. ohne Volumenzuwachs gefroren. Dadurch werden die nativen Strukturen von Zellen und Geweben sehr gut konserviert, beispielsweise für anschließende Untersuchungen im TEM. Das amorphe Eis wird hierzu in einem weiteren Verfahren, der Kryosubstitution, bei tiefen Temperaturen gegen Lösungsmittel und schließlich Einbettharze ausgetauscht. Für diese Präparationen ist das EMZ mit einer Kryopräparationsanlage (Leica EMPACT2) und einer Gefriersubstitutionsanlage (Leica AFS2) ausgerüstet.