REM-Proben müssen häufig mit leitfähigen Oberflächenschichten versehen werden, am EMZ werden hierzu Beschichtungen aus Kohlenstoff und Gold verwendet. Bei nichtleitenden Materialien, z.B. biologischen Proben oder Kunststoffen, wird hierdurch eine elektrische Aufladung der Probe vermieden. Zusätzlich kann eine aufgebrachte  Metallschicht die Signalausbeute aus der Probe und damit die Bildqualität erhöhen. Für die Beschichtung mit Kohle und Gold oder anderen Metallen stehen am EMZ zwei Anlagen zur Widerstandsverdampfung bzw. zum Sputter-Coating zur Verfügung, mit denen Schichten hoher Qualität reproduzierbar erzeugt werden können (Leica EM SCD 500 und Safematic CCU-010).